工程审计是依据国家《审计法》等相关规定，对工程概、预算在执行中是否超支，有无隐匿资金、截留基建收入和投资包干结余，以及有无以投资包干结余的名义私分基建投资的违纪行为等。审计是以基建项目为标的，以会计师、审计师为主要从业人员。政府性投资的建设项目，一律要进行工程审计。及所有行政、事业单位的建设项目都要经过造价审计和财务决算审计。
工程审计包括工程造价审计和竣工财务决算审计。造价审计一般是对单项、工程单位的造价进行审核，由造价工程师完成。竣工财务决算审计就是将造价工程师审定的，和未经造价工程师审核的所有支出加在一起，审查其是否有不合理的支出，是否有挤占建设成本和计划外建设项目的现象等，来确定一个建设项目的总的造价，这由注册会计师完成。
原有的定额计价和改革后的工程量清单计价法正处于双轨并行。
工程造价的审计有以下方法：
1、全面审计法。是指按照国家或行业建筑工程预算定额的编制顺序或施工的先后顺序，逐一的对全部项目进行审查的方法。
2、标准图审计法。是指对于利用标准图纸或通过图纸施工的工程项目，先集中审计力量编制标准预算或决算造价，以此为标准，进行对比审计的方法。而对局部不同的部门和设计变更部分做单独审查即可。
3、分组计算审计法。把分项工程划分为若干组，并把相邻且有一定内在联系的项目编为一组，审计计算同一组中某个分项工程量，利用工程量间具有相同或相似计算基础的关系，在判断同组中其他几个分项工程量。
4、比对审计法。是指用已经审计的工程造价同拟审类似工程进行比对审计的方法。这种方法一般应根据工程的不同条件和特点区别对待。
5、筛选审计法。各个分部分项工程的工程量、造价、用工量在每个单位面积上的数值变化不大。
6、重点抽查审计法。确定工程量大或造价高、工程结构复杂的工程为重点，确定监理工程师签证的变更工程为重点，确定甲乙双方自行协商增加工程项目为重点。抓住工程造价中的重点进行审计。
